Modelování: je soubor aktivit vedoucích k vývoji matematického modelu, který současně reprezentuje strukturu a chování reálného systému

Simulace: je soubor aktivit sloužících k ověření správnosti modelu a získání nových poznatků o činnosti reálných systémů

model je zjednodušený a abstraktní popis reálného objektu (soubor vztahů či instrukcí pro generování dat popisující chování reálného objektu

stanovení vazeb mezi jednotlivými součástmi systému (Strukturami)

výpočet parametrů systému

integrace informací o systému

predikce chování systému

identifikace rozdílů chování systému za různých experimentálních podmínek

výuka a vzdělávání

Struktura - je dána množinou všech vazeb (vztahů, relací) mezi prvky a různými podsystémy daného systému

Chování - je projevem dynamiky systému. (Dynamika je schopnost vyvolat změnu v systému, zejména jeho stavu. Dynamika je vlastností prvků systému, vazby jsou jejími iniciátory (vstupy), resp. nositeli důsledků (výstupy))

Stav systému - souhrn přesně definovaných podmínek nebo vlastností daného systému, které lze v daném časovém okamžiku rozpoznat. Stavu systému lze v libovolném časovém okamžiku t (z nějakého zvoleného časového intervalu) přiřadit vektor hodnot x(t) ∈ Χ, který nazýváme stavovým vektorem, složky xi vektoru x nazýváme stavovými veličinami (proměnnými) a prostor Χ všech možných hodnot stavových veličin nazýváme stavovým prostorem. Podle vývoje hodnot stavu systému lze systémy dělit na statické (nevykazují pohyb) a dynamické.

Stabilita - je schopnost systému udržovat si při změně vstupů a stavů svých prvků nezměněnou vnější formu (chování) i navzdory procesům probíhajícím uvnitř systému. Stabilitu chápeme jako vlastnost zaručující, že po určité malé změně počátečních podmínek nastane v systému při nezměněných vstupech pohyb jen málo odlišný od původního. Pojem stability se neomezuje pouze na návrat do výchozího stavu po poruše, která způsobí vychýlení. Často je návrat do původního stavu nemožný, protože se změnily podmínky. v nichž systém existuje - pak si systém může najít stav odchylný od výchozího stavu, který je rovněž stabilní - tzv. ultrastabilní systém

Okolí systému - je tvořeno množinou prvků, které nejsou součástí daného systému, ale jsou s ním významně svázány. Systém a jeho okolí jsou jednak objektivní skutečností, ale jsou dány i subjektvině, v závislosti na osobě zkoumající systém a na účelu zkoumání.

Otevřený systém - je takový, u něhož dochází k energetické a informační výměně s jeho okolím.

Uzavřený systém - je naopak vůči svému okolí zcela izolován, nemá se svým okolím žádné vazby. Prakticky uzavřené biologické objekty neexistují, případně pouze dočasně, může však být často užitečné pro teoretický rozbor vytvořit model, který je od svého okolí částečně nebo zcela oddělen. Proto je při definování systému třeba rozhodnout jak zkoumaný problém vyčlenit z v podstatě neomezených vzájemných souvislostí.